这个世界上，很多人不是完全健康的来到这个世界。有些疾病显而易见，但还有一些病不那么显眼，却依然影响着这群人的生活，例如阅读障碍。
郁美很小的时候，就被查出了阅读障碍病。事实上，这个病听起来很罕见，但是得病的几率不低，一百个人里面有两三个人是这类患者。这个病是可以治好的，但遗憾的是，那个时候，郁美的父亲生意失败，不久后就得了癌症去世，却给郁美和母亲留下了一屁股债。所以，郁美才会早早地出来挣钱，但因为这个病能选择的工作不多，最后无奈的选择了挣钱最快的一种。郁美告诉老板，自己的债务已经快要还清了，但她对未来的生活却依旧很迷茫。
因为无意的得知了郁美的职业，蒋明对她的感情变得矛盾起来。老板将一切都看在眼里，他将郁美的过往告知了蒋明，告诉他如果他介意，就不要去打扰郁美，这对她不公平。如果因为别人的看法就无法坚持自己的感情，那这份感情，不要也罢。
这一晚，郁美广告拍摄杀青后，蒋明特意做了鱼汁蒸蛋给她送了过去。郁美对他的态度却冷淡了下来，蒋明解释自己知道了郁美的故事，郁美却说不管别人怎么想，她知道自己要的是什么。蒋明发誓一定要做出郁美要的那个味道的鱼汁蒸蛋。
接下来的日子里，蒋明做了很多不同的尝试，用不同的鱼汁与配料组合，却依旧不是郁美记忆中的那个味道。渐渐地，两人的关系也亲近了起来。郁美回到家，看到蒋明给自己写的信。里面的文字对她来说依旧像是天书一样，她看不懂，却隐隐能感受到他的心。
一切都有条不紊的进行着，蒋明突然接到了家里的电话，他的父亲在上海生病住院希望他能回家。蒋明告诉老板从小父亲就很忙，一年到头难见到几面，他甚至觉得和同学的父亲都比他要亲近。在他十七岁那年，母亲意外去世后，因为他是独子，父亲开始不断督促他学习接管家中的烤鸭事业，却从来没有关心他真正想要的是什么。后来他离家出走，为了学习厨艺跟了十几家餐厅，却都没有得到自己想要的。蒋明发誓要做一个首屈一指的厨师，靠自己的力量，做出千变万化的味道。
老板什么也没有说，而是带他去了菜市场。回来后，老板拿出一根玉米问蒋明玉米要怎么做才好吃。蒋明不假思索的说可以烤，也可以煮汤，还可以用低温的方式将玉米做成开胃菜。老板笑了笑，却开始生吃玉米，还让蒋明也尝一尝。他告诉蒋明，对于做菜创意很重要，但更重要的是不能忘记食材本来的味道。对于大自然，我们要顺应，而不是破坏和对抗。对于家人，朋友，自己更是如此。
这天，郁美的工作结束后，因为表现良好，经理递给她一份新的合约。郁美突然有些犹豫了，最后，郁美将合约递回了经理，告诉她合约期满自己就会离开了。经理告诉她这次是电影的女主角，这是很好的机会，希望她能够想清楚。郁美却头也不回的离开了。
晚上到深夜食堂，郁美告诉老板今天是自己最勇敢的一天，值得喝酒庆祝一下。老板却笑着告诉郁美，蒋明也要毕业了，他打算回上海，接替父亲的生意。郁美的情绪一下去低落起来，蒋明端着新做好的鱼汁蒸蛋给她，她也高兴不起来。蒋明告诉郁美因为父亲病了，所以自己才会走得这么突然，而且他打算在上海开创自己的新事业。想到蒋明要离开，郁美突然泪盈于睫。
蒋明鼓起勇气递给郁美第二封信，郁美说自己看不懂，蒋明却坚持让她看看。原来，里面是一本小册子，每一页都用简单的漫画向郁美倾诉着自己的心意。他邀请郁美和自己一起去上海，郁美感动的答应了。
这一次的鱼汁蒸蛋，郁美突然尝出了小时候母亲的味道。老板笑着说自己试了那么久也没有做出来，蒋明却成功了。蒋明说自己是想到郁美是蓝德人，蓝德人烧鱼都会加一点米酒，而且用的是自己家乡的米酒，所以这个味道才会始终不对。蒋明已经完全理解了老板说的，不管来自何方，都会有原本的味道。这也让他重新理解和找回了对食材的热情。蒋明离开的时候，老板送给他一套盘子当礼物，叮嘱他要记得传承，始终坚持初心。
一年后，蒋明和郁美在上海开了一家深夜食堂的分店，两人终于找到了自己的梦想和归属。
《鱼汁蒸蛋，完》
深夜食堂是一群人夜间的归宿，但在这个城市里，也有一些人是从来不知道深夜食堂的，譬如，李维夫妇。他们是别人眼中的模范夫妻，双方都是白领高管，每天朝九晚五，工作节奏很快，月收入也十分丰厚。他们对于入睡后的城市一点想象也没有，按部就班的过着自己的“完美生活”。
照理说，李维夫妇是永远也不会深夜食堂踏入深夜食堂的。但是，李维老婆小月的妹妹，小梅却找来了。
这天晚上，小寿叔正在独自喝酒，泡面三姐妹抱着一本杂志走了进来。三姐妹说杂志上的言论非常符合女人的心理，正聊着，拖着行李的小梅走了进来。
小梅看起来二十来岁，一头黄色的半长卷发，很浓的妆，性格有些大大咧咧，是一位十分直爽的姑娘。她一进来就问老板有没有炸糯米圆子，老板为难的说没有准备糯米粉，请她明天再来。没料到，小梅听到没有后竟然说哭就哭了起来，众人吓了一跳，连忙安慰她，最后还是小寿叔出马，将泡面三姐妹派去超市买糯米圆子，她才抹掉眼泪，开心了起来。
