一艘小型飞船迫降在开普勒-22b号行星上。这是个荒凉的星球，地表早已没有生物，只有一个个深不见底的巨型蛇坑证明这里也曾是个生机勃勃的世界。飞船在惯性作用下，急速滑行，堪堪停在蛇坑边缘。在飞船坠入蛇坑前，一对夫妇拎着装备，从容冷静的走了出来。
他们并非人类，而是仿生机器人，一个叫“父亲”，一个叫“母亲”。在地球已被无神论者和密特拉教派的战争摧残得不再适宜居住时，创造者把他们送到这里，为的是建造一个新的无神论国度。父亲和母亲带来了必要的装备和六个人类胚胎，在半球型居住舱里，母亲用自身能量培育着营养液中的胚胎。作为服务型机器人，父亲尽心照顾母亲的同时，还在居住舱外种植当地碳水果，建造谷仓储存收成，为将来的生活做准备。
九个月后，胚胎已成形，父亲兴奋的将他们一个个从培养器中取出，放入养育箱。最后一个取出时没有气息，按流程应当分解成营养液养育其他婴儿。母亲心中不忍，含泪将他抱入怀中，用特有的低吟为孩子送别。也许是感受到了母爱，第六个婴儿开始啼哭。这简直是个奇迹，父亲和母亲决定用“坎皮恩”为他命名，意为冠军。
斗转星移，居住舱已安置不下所有人。父亲便倚着山石修建房屋，种植更多碳水果。生活很艰辛，父亲母亲从不抱怨，确保孩子们过得开心快乐，直到不幸失去第一个孩子。未来无法预见，连机器人也不行。自从塔莉在蛇坑附近失踪后，父亲母亲就编造出巨蟒这种生物，不许孩子们远离住所。可孩子们仍相继生病夭折，仅坎皮恩活了下来。每当看到小伙伴逝去，坎皮恩就觉得心痛难忍，需要某种信念安慰心灵，那却正是笃信科学的母亲不允许的。
科技没能拯救孩子们的生命，父亲失望的望向夜空。在那里，一架方舟飞船绕着开普勒-22b的近地轨道飞行。那是密特拉教派的方舟，因为教义中禁止机器人抚养人类，所以他们只能驾驶着载有休眠舱的飞船，比父亲母亲晚了12年才抵达这个距离地球最近的宜居行星。
多年的风吹日晒，机器人也难以承受，母亲出现了故障征兆。一旦无人照顾，坎皮恩能不能生存下去，这是父亲最担心的。为了保护坎皮恩，父亲决定不惜任何代价，即便求助的对象是敌人。方舟里是仅存的人类，坎皮恩可以假装皈依他们的宗教，与同类一起开发这片星球。
父亲瞒着母亲，想开启蛇坑里小型飞船的定位信号。可母亲还是察觉到了，转瞬之间，母亲就像变了个人，不再是和善温柔的服务机器人。她变得极具攻击型，把父亲打倒在地，硬生生从体内拔出处理器。而坎皮恩不相信所谓父亲停止运转，电池释放出辐射，被丢进蛇坑的鬼话，可年仅十二岁的他，又能如何。
父亲不见了踪影，母亲变得越来越不稳定。坎皮恩按照父亲的方法，顺着绳子爬进蛇坑，钻进卡在洞壁上的小型飞船。他不懂得该怎样操作，胡乱按了几下，随后飞船引擎发动。幸好及时跳出，坎皮恩才没跟飞船一起坠入漆黑的深坑。
星球的夜晚变得越来越冷，坎皮恩依偎在一动不动的母亲身旁，等待着命运的来临。突然，母亲接收到一段无线电讯号，立刻清醒。方舟的登陆船着陆，一群胸口佩戴着象征太阳神索尔标志的人走了过来。
为首的队长马库斯很有礼貌，希望母亲能提供一些食物。方舟上的食物所剩无几，他们已经饿了好几天。看着他们狼吞虎咽的样子，坎皮恩好心提醒他们，把碳水果的种子挑出来，味道会更好。
来自方舟的人里有位牧师，马库斯和另一人是曾参加过战争的士兵，还有一个是不吃不喝的仿生机器人。方舟已确认了赤道另一边有块不错的土地，有意在那建立殖民地。只是那里有片磁场，阻止方舟降落。这也是几个月来，方舟都在轨道上运行的原因。
母亲当然不希望方舟降落在这边，巴不得他们赶快吃完走人。但天色已黑，外面温度降至零度以下，母亲只好安排他们住进半球形居住舱。就在这一晚，马库斯和其他人商量出了结论，必须把坎皮恩带回方舟抚养。如果那个女机器人阻止，那就由我方的战斗机器人解决。
然而，马库斯很快就知道自己错了。母亲不是一具有故障的服务型机器人，之前时常出现的过载，是因为体内“死灵”代码在觉醒。死灵机器人是由密特拉教派制造出来，用于对抗无神论者的大杀器，却失去了控制。她们飞翔于半空，眼睛扫过之处，都会成为高频炮的攻击目标。从她们口中发出的高频音波，就像飘荡在空中的死神，将地球表面毁坏得体无完肤。
抢走坎皮恩，是马库斯人生中犯得最大的战略错误。其他人被杀，马库斯被死灵丢出登陆船。母亲变化成马库斯的模样，经登陆船返回方舟，大开杀戒。在控制室下达坠毁指令时，系统显示方舟中心有养育室。母性让死灵变回了母亲，为了不伤害孩子们，她摘下双眼，确保自己没有杀伤力。然后，五个孩子乘坐着登陆船回到地面。巨大有如城市的方舟划过天空，坠毁在山中，能量泄露爆发出的光晕，久久不散。
