2145年的波士顿，无神论战士卡莱布和玛丽从坠毁的直升机中救出一个医疗机器人。从机器人存储的资料来看，此前曾为一家密特拉教派的军官和家人做过医疗检查，那是被选中登上方舟的人必须经历的步骤。目前地球被死灵机器人占据，实施无差别攻击。卡莱布和玛丽便利用医疗机器人的整容功能，让自己顶替了原先的队长马库斯和他的妻子苏。
寻找通行证秘钥时，二人才知道马库斯和苏还有个儿子保罗。因奉行教义，保罗自幼被送进神学院由牧师照顾。父母与儿子之间从无交流，连一句话都没说过。在方舟前往开普勒-22b的十余年里，身体处于休眠状态，意识却保持清醒。每个人，甚至是宠物都能通过模拟系统，在虚拟世界中交流。保罗渐渐接受了这对似乎有了很大改变的父母，卡莱布和玛丽也融入到密特拉教派中，随口就能说几句信仰之辞，从此成为马库斯和苏。只是没想到，时隔十二年，又会遇上死灵机器人。
有了新增的五个孩子，建立无神国度的事业也就有了希望。母亲把“死灵”双目藏在居住舱下，配戴上战斗机械人的双眼，这样才能保证不会在无意中伤害孩子。战斗机器人体内的处理器被接到父亲体内，她需要父亲的协助。在她看来，父亲违背了任务目标才需要被关闭。如今形势不同，父亲会成为完成任务的重要支柱。
父亲出于纯理性分析认可了母亲的观点，坎皮恩见到父亲归来更是欣喜不已，但内心对母亲的畏惧正转化为愤怒，要暗中想办法解除母亲的武装。来自方舟的五个孩子薇塔、霍莉、坦佩斯特、保罗、亨特，面对和蔼可亲的母亲同样是小心谨慎，表面恭顺，背后不满，尤其是母亲还收走了他们的太阳神坠饰。
亨特是年纪最大的孩子，父亲又是密特拉教派的高级神官，对其他孩子有着无形的控制权。他强行命令保罗把心爱的宠物小白鼠送给坎皮恩，有意拉拢。毫无心机的坎皮恩无法了解人类之间的复杂关系，亨特利用这种单纯的好感影响着坎皮恩，让坎皮恩相信是母亲的死灵本性杀死了他的兄弟姐妹。
母亲不喜欢坎皮恩的做法，小白鼠还是还给了保罗。在之后的生活中，亨特处处显得高人一等，不事劳作。而没有了密特拉教派的特权，众人开始对亨特的指手画脚产生反感。不再视其为理所当然的领导人，反而更倾向于天真无邪的坎皮恩。
母亲看出坦佩斯特怀有身孕，特地将她安排在居住舱单独居住，也不用农田劳作，只需要打扫房间即可。但坦佩斯特并不喜欢被母亲视为礼物的腹中胎儿，那是在休眠舱中，被某个神职人员玷污的结果。母亲的大肆杀戮，无意中帮坦佩斯特雪耻。所以从某个方面来说，坦佩斯特很感激母亲，对母亲的抵触也是最少的。她听取了母亲的建议，不再去伤害腹内无辜的孩子。
就在方舟坠毁后没几天，原本宁静的夜晚突然多出几声嘶吼。形似食尸鬼的生物袭击营地，母亲想取出“死灵”双眼，却发现被人取走。父亲一愣，立刻知道是坎皮恩所为。他一反平时温和的态度，怒目圆睁，抓着坎皮恩的双臂喝问双目下落。“死灵”双目从坎皮恩口袋中掉了出来，父亲抓在手里丢给母亲。母亲变换成“死灵”飞上半空，一只只食尸鬼在她的吼声中化为肉浆。营地暂时安全了，可母亲和父亲都想不明白，这些凶残的生物为何会在十二年后出现。
