黑旗军和五花部落的族人终于和解，士兵们大口喝酒大口吃肉，这时，黄飞鸿坚定地走过来，斩钉截铁地告诉大家，自己要加入黑旗军！战役一触即发，因为建立了炮台，黑旗军占领了优势地带，把日本人轰炸得落花流水，刘永福在紧急关头把一项重大任务交给黄飞鸿去做，但是黄飞鸿还是无法走出阴影，自己最爱的女人都是日本间谍，又如何判断谁是好人，谁是坏人？刘永福看见黄飞鸿如此怯懦，便声嘶力竭地鼓励他，日本人马上就要登岛了，如果黄飞鸿再犹豫不决，同胞们就要死伤无数！
于是，在刘永福的说服下，黄飞鸿开始带领众人练习功夫，强身健体。闲暇时刻，阿妹带着黄飞鸿来欣赏鸢尾花，黄飞鸿不由得又回忆起了岑慧慧，心神不宁。阿妹似乎没有察觉，继续介绍着美丽的五色花，这也是五花部落名字的来源，还有一个美丽凄惨的爱情故事。黄飞鸿恍恍惚惚地听着故事，心里总是无法忘记慧慧，只能有一搭没一搭地回答阿妹的话。
另一边，黄麒英在思念着儿子，十三姨躲在一边看着黄麒英，心里也很不是滋味。第二天，十三姨独自在海边惆怅，她希望能在茫茫大海中找到许愿石，牙擦苏不想让十三姨继续牵挂，便计上心来，安排了一出黄飞鸿Du博赢钱，又抛妻弃子的戏码，希望十三姨能认识到黄飞鸿的“真面目”。十三姨根本不相信牙擦苏的话，夺门而出，正好识破了牙擦苏的计谋，她怒气冲冲地与牙擦苏大吵一架，不欢而散。
1895年，日军对台湾岛大规模炮轰，战况愈演愈烈，黑旗军和五花部落的族民奋力抗争，可日军的炮弹把神树炸伤了，刘永福担心族民会找麻烦，赶紧命令属下隐瞒消息。阿妹走到树下，十分虔诚地跪下，每年春天，神树都会开花，如果神树不开花，就会有大灾难了。
但是，神树受伤的消息被传开了，族民们认为阿妹是罪魁祸首，打算烧死她，黄飞鸿赶紧带着士兵来救人。关键时刻，阿妹制止大家的冲突，她愿意主动承担罪责，黄飞鸿挺身而出，他准备替阿妹去死！阿妹也表白心迹，说出了对黄飞鸿的爱意。于是，按照部落规矩，黄飞鸿要接受五花箭神的考验。
阿妹举起弓箭，准备射向黄飞鸿，如果黄飞鸿大难不死，那便是彼此的缘分。黄飞鸿闭上眼睛，坦然面对，阿妹忍痛射出了箭，三支箭射出后，黄飞鸿已经口吐鲜血，无法站立起来，但是，在族民的支持下，在阿妹的爱情鼓励下，黄飞鸿毅然决然地站了起来，通过了考验！
十三姨在大晚上来找牙擦苏，希望他能帮助自己套取日本人的情报，可是，好不容易抓捕到的日本人都死了！十三姨大吃一惊，这些日本间谍早就被抓了，也没有自杀的迹象，为何现在突然死亡了呢？原来，她们是被樱花夫人杀死的，而樱花夫人其实是个日本男人。
这天晚上，黑旗军得知朝廷签订了马关条约，大家义愤填膺，士兵们还在用生命战斗，可朝廷竟然认输了！这是多么丧权辱国的条约啊！刘永福大声鼓励士兵，只要黑旗军的旗帜立在台湾岛，就会奋战到底！大家决定跟随黑旗军战争到底！
