炮火连天，硝烟滚滚，黑旗军与日本人展开了生死搏斗，势单力薄的黑旗军根本不是对手，很快就败下阵来，关键时刻，阿妹和族人及时出现，带着黑旗军逃走，还准备了一支队伍埋伏在树林中。日本人对丛林地形不熟悉，一下子跌入陷阱，被伏兵打得落花流水，刘永福非常解恨地看着这一幕，现在终于可以关门打狗了。
可是，黄飞鸿现在开始思念十三姨，那个大大咧咧的女孩，如果没有自己在身边，她会不会被人欺骗呢？黄飞鸿想着想着，翻来覆去无法入睡，他现在还没想好，是去是留。桂向彤在一旁开玩笑，让黄飞鸿把十三姨让给自己，黄飞鸿当即翻脸。桂向彤收起了嬉皮笑脸的模样，建议黄飞鸿回家，毕竟还有人惦记着他。
一波未平一波又起，士兵们突然集体染病，死亡人数日日都在增长，黄飞鸿仔细检查了大家的病情，他来到河边，用银针试探了一下，发现毒液就在溪流之中。目前，军营里虽然还有一些清水，但远远不够大家引用，黄飞鸿认出这是百爪挠心毒，他打算在附近寻找草药解毒。
五花部落女子鹿雅与桂向彤感情很好，他们正在互相谦让喝水，突然得知有水源了！原来，是日本人给大家送来了水，他们猫哭耗子假慈悲，打算以此让大家投降妥协，还逼迫大家交出刘永福。大多数族民和士兵都不答应，只有几个族人忍耐不住口渴，去喝了日本人的水，结果中毒暴毙。桂向彤等人一拥而上，杀了这几个可恶的日本人。另一边，黄飞鸿已经研制出了解药，大家的病症迎刃而解，纷纷感激黄飞鸿的大恩大德。
可没想到的是，黄飞鸿的药只能抑制住病毒，却不能根治，时间一长，大家又开始毒发，阿妹也感觉到身体不适，她已经感染了病毒。鹿雅好言安慰，可是阿妹十分恐慌地逃跑了，根本不听任何劝告。这天晚上，黄飞鸿偷偷做了一个木筏，打算离开，刘永福发现后将他扣了下来，他们这才发现，黄飞鸿也中毒了！原来，黄飞鸿是主动喝了毒水，然后感觉出缺少哪种药材，准备回到中原找药。刘永福明白自己错怪了黄飞鸿，便放他离开。黄飞鸿在临走前还不忘叮嘱阿妹，决不放弃，一定要等自己回来。
黄飞鸿一路辗转，来到了福州，被士兵当做可疑人等抓了起来，载鸷此时恰巧也在福州，士兵便将黄飞鸿送到了载鸷面前。两人相见，顿时唇枪舌剑地争吵起来，载鸷拿出一副画着战船的画，展示给黄飞鸿看，并得意洋洋地表示，这就是大清水军的将来。黄飞鸿不愿理会，他说明自己求药的来意，载鸷欣然应允，趁着载鸷拿药的功夫，黄飞鸿偷走了他的印章。
很快，载鸷发现印章不翼而飞，若是让黄飞鸿拿着印章私自出海，那载鸷就等于犯了渎职之罪。于是，载鸷赶快吩咐手下通缉黄飞鸿，没想到黄飞鸿早就带着药材出海了！福州的地方官陆太川本来就和载鸷有过节，这下更是抓住把柄不放，载鸷一怒之下干脆杀了这个狗官，然后眼睁睁地放走了黄飞鸿。其实，他的举动也是补偿当年捅了黄飞鸿一刀，来成全兄弟情义。
当黄飞鸿抵达岛屿时，发现尸横遍野，一片狼藉，他拿着药火速找到阿妹，可阿妹也奄奄一息，这都是日本人攻打造成的后果。阿妹无力地躺在黄飞鸿怀里，诉说着最后的情话，话音未落，阿妹就永远闭上了双眼，离开了人世。黄飞鸿绝望地大哭，也无法挽回阿妹的生命。
此时已经是深秋，载鸷忽然迎来了老佛爷的一道圣旨，老佛爷听信他人之言，认为载鸷盗取佛心，准备把他打入大牢，载鸷攥紧了拳头，心里都是怨恨，但不得不领旨谢恩。樱花夫人得知此事，倒是高兴得很，原来，她早就在清朝的朝廷里安插了自己的耳目，专门为了扳倒载鸷，实在可恨。
