段正淳和钟夫人在夜里幽会，钟灵儿被云中鹤强行掳走，此时万劫谷内热闹非常，已然成为众人可随意出入之地。钟万仇连发三掌欲救女，皆被云中鹤闪身避开，钟灵趁机钻入地道，不料云中鹤竟跟在后面。
岳老三带着段誉及时赶来，叶二娘紧随其后，众人见状窜入地道。由于地道内转侧不易，云中鹤拽着钟灵足踝，钟万仇死抓云中鹤，紧接便是岳老三、叶二娘，五个人拉起了长龙，直到段誉伸手触碰叶二娘，忽觉一股内力融入身体，轻而易举将他们拽出地道。
除了段誉以外，大家的内力险些耗尽，叶二娘等人觉得蹊跷，果断先行离开。哪曾想段誉因体内真气太盛，导致他当场昏倒，待回大理之后，整个人如万虫撕咬难受。段正明见侄儿脉搏既劲且快，本料想出手压制，怎料内力险泄，惊得他急忙松手。
正因段正明不知段誉已练成“北冥神功”，仅听闻星宿海的丁春秋精通化功大法，善消他人内功，便误认为是段延庆故意将邪功渡入侄儿体内，以此谋害大理段氏。为今之计，段正明决定带段誉去天龙寺求救，希望对方能有方法治好邪毒。
天龙寺不同于少林，此寺建在大理城外点苍山附近，段氏历代祖先为避位让贤，纷纷来此出家为僧，也算是大理皇室的家庙。段正明搀扶侄儿，由方丈带路来到内阁，祈恳四位大德高僧指点明路。
尽管其他几僧心怀慈悲，愿折耗功力替段誉祛毒，唯独枯荣长老持有不同意见。在他看来，眼下强敌将至，天龙寺百年威名摇摇欲坠，这般当口不值如此。段正明闻言不解，只见方丈从怀中取出一封黄金打造的信笺，上面用白金嵌出梵文，大意是信主与慕容博相交甚好，曾听闻“六脉神剑”的盛名，便想亲自求取该经，焚化于慕容博墓前。
见到落款注明大轮明王，段正明略有惊诧，他深知此人乃是吐蕃国护国法王，不仅具有大智慧，精通佛法，同样也是一位武学高手。然而，六脉神剑经乃是镇寺之宝，属于大理段氏武学的至高法要，绝不可让外人夺去。
因事有轻重缓急，众僧决定先抓紧时间练成六脉神剑，待退了大敌之后，他们再为段誉驱毒。只不过六脉神剑极难修炼，短时间内恐难练成，枯荣长老想到一个取其的法子，那便是每人自修一脉，形成六脉剑阵。
天龙寺难找第六位指力相当的好手，尤其六脉神剑经不传俗家弟子，所以段正明应枯荣长老要求，临时剃度法名本尘，待击退强敌后再行还俗。段誉坐在旁边，全程目睹伯父和方丈等人凝神用功，不敢出声打扰，同时在此期间，隐约察觉右手小臂难以控制，似乎有东西要突破皮肤迸发出来。
段誉尽力克制，并且按照六脉剑图上的穴位进行参悟，很快掌握些许法门。不过多时，大轮明王鸠摩智带着两名弟子上门，欲以三卷武功诀要交换六脉，甚至当场展示指法，可见其诚意。
方丈见状默然不语，枯荣长老婉拒之意言明，可惜鸠摩智偏要今日夺得剑经，否则将会是吐蕃、大理兵戈相见。众僧皆明他言中所含威胁，于是便率先提议较量，若是天龙寺虚有其表，尽管任由对方取走剑经。
与此同时，段誉藏在内阁之中，透过门缝向外观望，忽见鸠摩智盘坐在地，一招“火焰刀”点燃面前六枝线香。段正明与其他人排列成阵，即便是同门联手，占不到丝毫上风，足以证明鸠摩智功力深厚，不容小觑。
起初鸠摩智只取守势，可当他看尽剑阵招数，再以守专攻，进行反击。第一仗天龙寺险胜，第二仗两方悬殊，尤其是鸠摩智攻势极其凌厉，众僧难以招架，阵法已破。鸠摩智趁机闯入内阁，段誉连忙藏在后面，枯荣长老生怕鸠摩智强行夺取，索性以一阳指内力焚毁六张图谱，镇寺之宝就此荡然无存。
正是这般宁为玉碎不肯瓦全，天龙寺和大轮明王彻底结下深仇，鸠摩智既惊又怒，他素以智计自负，万未料会有如此结果，于是在临走前劫持段正明，欲带他赴吐蕃国一叙。段誉凭靠凌波微步救下段正明，并以六脉剑法为辅，鸠摩智见状大喜过望，趁他不备，强行掳走，在场之人来不及反应。
