1940年8月20日起，八路军发起交通破击战，向敌人发动全面进攻，随着战役的推进，八路军超过100个团的兵力加入作战，给日伪军以沉重打击，鼓舞了中国军民抗战的斗志，史称百团大战。何应钦告诉蒋介石百团大战的相关讯息，蒋介石好奇毛泽东在短短三年内就可以把队伍扩大到百团，觉得毛泽东难道是变魔术，蒋介石命令何应钦不可以再让共产党的规模扩大了。百团大战名震中外，朱德毛泽东任弼时等人也在讨论战役具体情况，朱德表示新兵成分太多，战斗实力不足，毛泽东告诉他这是发展中必然出现的一个问题。要从党政军群各个角度发力去解决，部队的问题根子不仅仅在部队本身，毛泽东提出要在防御中巩固，在巩固中提高，在提高中反攻，不要梦想革命事业一蹴而就。不过通过百团大战，既暴露了问题又增加了经验。
蒋介石询问何应钦对八路军的压制有无效果，何应钦回复到华北的共产党铁板一块，几次行动都受到损失，还让八路军白白缴获了武器弹药。胡宗南方面，虽然装备精良，但战斗力不强。1940年初，国民党顽固派在华北发动第一次反共高潮遭到失败，把反共中心转到华中，一方面在华中不断制造军事摩擦，试图用武力消灭新四军，一方面又企图通过谈判，来限制人民抗日力量的发展，压迫八路军新四军撤到黄河以北，同日军配合夹击消灭八路军新四军，成为第二次反共高潮的起点。
1941年1月6日，奉命北移的新四军军部及所属部队9000余人在安徽泾县茂林地区突遭国民党军队7个师8万余人的包围袭击，史称皖南事变。新四军奋战7昼夜，除2000余人突围外，一部被打散，大部牺牲或被俘。军长叶挺在与国民党谈判时被扣押，政治部主任袁国平牺牲，副军长项英、副参谋长周子昆在突围中被叛徒杀害。1月17日，蒋介石反诬新四军“叛变”，宣布取消新四军番号，声称将把被扣押的新四军军长叶挺交付“军法审判”。毛泽东对于蒋介石的做法很是生气，如此大开杀戒背信弃义，红军将士得知该消息后，更是悲恸异常，义愤填膺。毛泽东分析后觉得抗日战争才是最高的任务，抗日民族统一战线也必须坚持，现在这个阶段，在政治上需要攻势，在军事上需要守势，必须坚决自卫。皖南事变发生时周恩来更是噙泪写下的控诉：千古奇冤，江南一叶。同室操戈，相煎何急？
新华日报顶住压力，把皖南事变印刷了出来，老百姓得知此事忍不住吐槽蒋介石外战外行，内战内行，自己人打自己人，这才是老蒋的真面目。宋庆龄得知此事后，立马发电报给重庆。国民党方面，陈立农早已准备了通稿，准备诬陷新四军为叛党。
毛泽东担心在重庆的周恩来董必武等人的安危，立马发电报让他们先回延安。周恩来、叶剑英、董必武等人却不愿意回延安，虽然早已知晓待在重庆有风险，但依旧坚持留在重庆，做好政治上的反攻。毛泽东明确了在政治上做好攻势，在军事上做好守势，但依旧非常的担心他们的安危。1941年1月，国民党在第二次反共高潮中制造了震惊中外的皖南事变后，1月20日，中共中央军委发布重建新四军军部的命令，任命陈毅为新四军代理军长，刘少奇为政治委员，张云逸为副军长，赖传珠为参谋长，邓子恢为政治部主任。25日，新四军新军部在苏北盐城成立，将活动于陇海路以南的新四军、八路军部队统一整编为7个师和1个独立旅：第一师师长粟裕、政治委员刘炎；第二师师长张云逸（兼）、政治委员郑位三；第三师师长兼政治委员黄克诚；第四师师长兼政治委员彭雪枫；第五师师长兼政治委员李先念；第六师师长兼政治委员谭震林；第七师师长张鼎丞、政治委员曾希圣；独立旅旅长梁兴初、政治委员罗华生。全军9万余人，继续坚持在长江南北抗战。
蒋介石感慨周恩来难对付的很，宋美龄提议蒋介石说服叶挺归顺，这样新四军的被动局面也算是破了。叶挺将军严词拒绝了蒋介石的威逼利诱，表达了自己绝不会把罪责推到项英身上来换取自己的自由，并打算发电报要求蒋介石枪毙自己。毛泽东周恩来等人积极推动政治上的攻势，并告知蒋介石十二条主张。
