1940年，具有绘画特长且会说汉语的荒川良平在北海道参加拓殖委员会的面试。面试通过的他作为特招人员，被日本派遣到关东军防疫给水部。白山丸号轮船载着一批特招人员经过对马海峡，抵达大连港的大连马头，又乘坐亚细亚号走南满铁路，千里迢迢来到哈尔滨的关东军防疫给水部。在亚细亚号火车上，被招入防疫给水部少年班的成田一男，跟荒川良平主动搭话。两人就此结识，一同被送往防疫给水部。
荒川良平在本部正门被放下，其余少年班的成员则被送往教育部报到。虽然抵达了防疫给水部，但能否留下，全靠荒川良平的本事。长官给他下达的任务是在一周内画出防疫给水部准确的全境地图。荒川良平被安排和摄影班的高桥明彦一个宿舍，后来才知道此举用意。利用高桥明彦拍的照片，可以帮助荒川良平绘制出地图。可是高桥明彦却告诉他，自从搬过来后，防疫给水部的很多地图数据便是错的。
荒川良平一个一个地方地测量，途中见过成田一男一次。可那时成田一男骑了一次马就受到惩罚，事后荒川良平不解，高桥明彦告诉他，因为那些马是病马。这里是防疫给水部，汇聚了很多医学专家。可以把防疫给水部看成是一个医学大学，专门用于研究生产改变战争的生化武器。荒川良平只差行政部没有测量，但看门的人请示过后却不允许他进去，他只好在外面大致测量行政部的外围。
测量时，荒川良平无意发现一个井盖，他顺着井盖爬入地下通道，从肮脏的下水道中捞出了一个人眼，他登时就吓醒了，原来一切都是梦境。行政楼的神秘，催生出这个可怕的梦境。一周后，荒川良平顺利绘制出防疫给水部的全境平面图，并得以留在防疫给水部工作。外出采购回来，正碰上佟长富被压在地上，头上被顶着一把枪。荒川良平告诉吉田长官，牌子上写着吉川贸易公司。
此举无意中救了佟长富一命，吉田让他转告佟长富，以后防疫给水部会跟吉川贸易定期采购苹果。正式入职后的荒川良平由高桥明彦带到四方楼，见到吉村。荒川良平怎么也没想到，自己正式入职后的第一个任务，竟是给被冻伤的人画腐烂手脚的画像。画完之后，荒川良平便吐了。多年同班同学柄泽十三夫也在这儿，面对荒川良平的疑惑，柄泽告诉他，这里在做解救人类的伟大事项。
除了给人绘画，偶尔荒川良平也会跟着长官外出，记录稻田的生长情况。顺道有一位军人家属跟着回去探亲，回来后腿上被一只小蚜虫给咬了，她一把将蚜虫给捻死。在防疫给水部工作的时间越长，荒川良平对这里的工作内容渐渐有了一个大概的印象。细菌、麻风病在这里屡见不鲜。他本能地惧怕这些东西，总是会被各种幻相吓到。
有一天晚上，郁闷的荒川良平出去抽烟，碰见想逃走的川口聪老婆。她并不是哑巴，被蚜虫咬伤的地方出现感染，她想离开这里，但川口聪不让，不得已半夜偷偷想跑掉，不料碰上荒川良平，她哀求他让她离开这儿。
